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人工智能与大数据中心

一、中心概况

南华大学附属第一医院人工智能与大数据中心成立于2021年,旨在实现生物技术、信息技术和多种前沿技术在医学临床实践中的交汇融合应用。“多组学分析、多模态融合”是医学科技发展的前沿方向,实施精准医学已经成为推动全民健康的国家发展战略,是未来医学研究必须抢占的制高点。因此,在学科建设上发展精准医学,通过医工结合系统加强精准医学研究布局,对于提升我省重大疾病防控能力和丰富全民健康保障手段,对于促进我校占据数据驱动新范式下医学研究制高点及智慧医疗相关产业发展主动权,对于推动生命健康与信息技术相关专业“双一流建设”发展,具有重要意义。

在南华大学及其附属医院开展“医为轴线,工为连横”的医学研究新范式,强化人工智能技术对医学大数据进行高效分析、整合和挖掘,建立与综合性大学相匹配的科研平台,是支撑5年跻身国家“双一流”高校行列的发展战略的有力保障。通过聚焦多组学生物技术、数据科学与人工智能、重大多发疾病精准医学这三个医工交叉领域,有机会实现科研成果产出跃升,并通过抓住“精准医学”这一促进医学科研模式发展前所未有的机遇,以高水平科研平台建设进一步贯彻5年跻身国家“双一流”高校行列的发展战略,不断提升南华大学的科研水平、学术影响力和核心竞争力,推动学科建设的可持续发展,早日实现“高水平综合性大学”建设目标。


二、团队

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李春权,博士,教授,硕士/博士研究生导师。南华大学计算机学院副院长。担任中国计算机学会生物信息学专业委员会委员。曾获黑龙江省杰出青年基金、市劳动模范等荣誉称号。迄今已累计发表SCI研究论文70余篇。其中,IF >10的论文15篇。承担国家自然科学基金面上与青年项目等多项课题。开发了SubpathwayMiner、SEanalysis、KnockTF、LncSEA等具有国际影响力的医学大数据分析软件和平台,已广泛被几十个国家的研究机构使用。

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尚德思,博士,副教授,硕士生导师,南华大学附属第一医院医学大数据与人工智能教研室副主任。担任中国计算机学会生物信息学专业委员会委员。迄今为止发表SCI论文30余篇,第一作者、共同第一作者或通讯作者论文13篇。担任多个杂志审稿人及杂志专栏主编等。作为项目负责人,承担国家自然科学基金青年项目与面上项目、黑龙江省卫生厅课题、黑龙江省博士后启动项目等课题。

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刘佳琦,博士,讲师。2010年和2015年分别获得哈尔滨工业大学控制科学与工程硕士学位和博士学位, 2011-2013年为欧洲学习和智能系统实验室(ELLIS)的联合培养博士,2020年作为访问学者在芬兰人工智能中心(FCAI) 开展AI for Health SIG项目研究。主要研究方向为医学影像语义分割、数字医疗电生理检测。迄今为止发表学术论文10余篇,第一作者7篇,承担航天科工集团探月二期定位系统和过程控制相关重大实验装置子系统研发。

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王秋毓,博士,副教授,硕士生导师。汕头大学分子生物学博士。主要研究方向为复杂疾病的代谢网络模型构建与网络分析,代谢类疾病复杂机制分析,肿瘤机制分子生物学分析等。在Brief Bioinform等杂志上发表多篇高水平论文。主持国家自然科学基金青年项目与面上项目,教育部心肌缺血重点实验室开放课题等。

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宋超,博士,讲师。研究方向为“整合生物信息学与分子生物学识别心血管疾病发病机制研究”。在《Nucleic Acids Research》、《Molecular Therapy》等杂志发表SCI收录文章19篇,其中第一作者、并列第一作者收录文章7篇,最高影响因子16.971。现主持中国博士后面上项目、黑龙江省博士后面上项目和哈尔滨医科大学创新基金项目等3项。

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钱凤翠,助教,自2014年起从事生物信息学领域的学习和研究工作。以第一作者发表IF>15论文2篇。主要研究方向为复杂疾病的转录调控网络模型构建及分析方法研究。主要研究兴趣包括:(1)转录调控网络分析和构建;(2)生物网络的数据库和平台开发;(3)核心调控子的预测。


三、研究方向

1. 多组学生物技术(数据整备、数据分析、调控网络、软件平台开发)

(1)转录组学深度解析技术研发

(2)非编码RNA 的功能调控与非经典翻译

(3)单细胞多组学异构数据整合与挖掘

(4)重大疾病表型组学解析技术研发

2. 多模态影像与人工智能(专病库、成像增强、影像辅助、多模态融合)

(1)精准医学的多尺度因果理论与应用

(2)数据与机理融合的大数据统计推断

(3)多模态医学影像智能辅助诊疗技术研发

(4)智能化超快核磁共振成像理论、方法及应用

3. 重大多发疾病精准医学(机制、诊断、治疗、预后/预测/预警)

(1)基于多组学的泛血管疾病发生发展机制研究

(2)冠心病个体化精准诊疗体系构建及优化策略研究

(3)地方性职业健康危害早期识别和精准诊疗关键技术研究

(4)恶性肿瘤免疫治疗精准预测技术研发及体系建立


  四、研究成果

主持科研项目

项目名称

项目负责人

项目来源

资助经费(万元)

项目开始时间

癌症中DNA调控元件驱动的lncRNA上下游调控网络模型构建及分析方法研究

王秋毓

国家自然科学基金面上项目

54

2023

恶性肿瘤中免疫-代谢共调控网络构建与模块识别的方法研究

尚德思

国家自然科学基金面上项目

53

2023

基于临床多组学泛血管疾病大数据人工智能

平台的构建及分析

李春权

南华大学4310项目

200

2022

癌症超级增强子的上下游调控网络构建与分析方法研究

李春权

国家自然科学基金面上项目

57

2022

食管癌中非编码RNA调控的代谢通路高异常区域识别及其分子互作机制

李春权

国家自然科学基金面上项目

67.8

2016

整合高通量基因,代谢子和通路结构信息的癌症风险代谢通路区域系统识别

李春权

国家自然科学基金委员会青年项目

22

2013

小分子药物相关非编码RNA的识别与功能研究

尚德思

国家自然科学基金青年项目

23

2016

复杂疾病中lncRNA协同调控的通路高异常区域之间的crosstalk识别与功能研究

王秋毓

国家自然科学基金青年项目

19

2017

重大疾病中超级增强子的上游信号通路识别及调控机制研究

李春权

黑龙江省科学技术厅省杰出青年科学基金项目

50

2020

整合microRNAmRNA表达谱识别复杂疾病风险通路

李春权

黑龙江省自然科学基金委员会面上项目

6

2016

疾病代谢子通路融合挖掘及网络分析方法研究

李春权

中国教育部高等学校博士点学科专项科研基金项目(新教师基金课题)

3.6

2011

复杂疾病中lncRNA调控区域网络构建及分析研究

王秋毓

黑龙江省自然科学基金项目

10

2021

心肌缺血中lncRNA协同调控的通路高异常区域识别与功能研究

王秋毓

教育部心肌缺血重点实验室开放课题

3

2020

LncRNA Gm15834介导炎症反应参与心肌肥厚的作用机制

宋超

中国博士后科学基金

8

2019

南华大学附属第一医院高层次人才科研启动金

李春权

科研启动金

500

2021

复杂疾病中lncRNA调控的信号子通路的系统识别

李春权

黑龙江省人力资源和社会保障厅博士后研究人员落户黑龙江科研启动资助金

10

2018

整合microRNAmRNA表达谱识别复杂疾病风险通路

李春权

黑龙江省自然科学基金委员会面上项目

6

2016

复杂疾病风险代谢通路整合识别方法研究

李春权

黑龙江省教育厅面上项目

2

2013

利用通路拓扑识别疾病相关代谢子

尚德思

黑龙江省博士后启动项目

6

2019

NF-κB / lncRNA Gm15834 / Sam68正反馈环路介导炎症反应参与心肌肥厚的作用及机制

宋超

黑龙江省博士后科学基金

7

2019

NF-κB/lncRNA Gm15834/Sam68正反馈环路介导炎症反应参与心肌肥厚的作用及机制

宋超

哈尔滨医科大学创新科学研究资助项目

4.8

2019


近三年发表代表性论文

论文名称

期刊

发表时间

备注

CRdb: a comprehensive resource for deciphering chromatin regulators in human

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

2022

JCR一区

IF:19.160

SEdb 2.0: a comprehensive super-enhancer database of humanmouse

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

2022

JCR一区

IF:19.160

TcoFBase: a comprehensive database for decoding the regulatory transcription co-factors in humanmouse

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

2022

JCR一区

IF:19.160

TF-Marker: a comprehensive manually curated database for transcription factorsrelated markers in specific celltissue types in human

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

2022

JCR一区

IF:19.160

GREAP: a comprehensive enrichment analysis software for human genomic regions

Briefings  in Bioinformatics

2022

JCR一区

IF: 13.994

LncSEA: a platform for long non-coding RNA related setsenrichment analysis

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

2021

JCR一区

IF:19.160

VARAdb: a comprehensive variation annotation database for human

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

2021

JCR一区

IF:19.160

ATACdb: a comprehensive human chromatin accessibility database

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

2021

JCR一区

IF:19.160

TRlnc: a comprehensive database for human transcriptional regulatory information of lncRNAs

Briefings  in Bioinformatics

2021

JCR一区

IF: 13.994

HiFreSP: A novel high-frequency sub-pathway mining approach to identify robust prognostic gene signatures

Briefings  in Bioinformatics

2020

JCR一区

IF: 13.994

ENdb: a manually curated database of experimentally supported enhancers for human and mouse

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

2020

JCR一区

IF:19.160

KnockTF: a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

2020

JCR一区

IF:19.160